Dr Dawid Warszycki
-
Pyrano[2,3,4-cd]indole as a Scaffold for Selective Nonbasic 5-HT6R Ligands.
Jakub Staroń, Stefan Mordalski, Dawid Warszycki, Grzegorz Satała, Adam Hogendorf, Andrzej J Bojarski
ACS medicinal chemistry letters, 10.1021/acsmedchemlett.6b00482
PMID:28435524
-
Ligand-guided homology modelling of the GABAB2 subunit of the GABAB receptor.
Thibaud Freyd, Dawid Warszycki, Stefan Mordalski, Andrzej J Bojarski, Ingebrigt Sylte, Mari Gabrielsen
PloS one, 10.1371/journal.pone.0173889
PMID:28323850
-
Practical application of the Average Information Content Maximization (AIC-MAX) algorithm: selection of the most important structural features for serotonin receptor ligands.
Dawid Warszycki, Marek Śmieja, Rafał Kafel
Molecular diversity, 10.1007/s11030-017-9729-8
PMID:28185036
-
From Homology Models to a Set of Predictive Binding Pockets-a 5-HT1A Receptor Case Study.
Dawid Warszycki, Manuel Rueda, Stefan Mordalski, Kurt Kristiansen, Grzegorz Satała, Krzysztof Rataj, Zdzisław Chilmonczyk, Ingebrigt Sylte, Ruben Abagyan, Andrzej J Bojarski
Journal of chemical information and modeling, 10.1021/acs.jcim.6b00263
PMID:28055203
-
Straightforward synthesis of 2,4,6-trisubstituted 1,3,5-triazine compounds targeting cysteine cathepsins K and S.
Elżbieta Plebanek, Florian Chevrier, Vincent Roy, Thibault Garenne, Fabien Lecaille, Dawid Warszycki, Andrzej J Bojarski, Gilles Lalmanach, Luigi A Agrofoglio
European journal of medicinal chemistry, 10.1016/j.ejmech.2016.05.009 S0223-5234(16)30386-5
PMID:27214508
-
Rational design in search for 5-phenylhydantoin selective 5-HT7R antagonists. Molecular modeling, synthesis and biological evaluation.
Katarzyna Kucwaj-Brysz, Dawid Warszycki, Sabina Podlewska, Jagna Witek, Karolina Witek, Andrea González Izquierdo, Grzegorz Satała, María I Loza, Annamaria Lubelska, Gniewomir Latacz, Andrzej J Bojarski, Marián Castro, Katarzyna Kieć-Kononowicz, Jadwiga Handzlik
European journal of medicinal chemistry, S0223-5234(16)30094-0 10.1016/j.ejmech.2016.02.024
PMID:26900658
-
Average Information Content Maximization--A New Approach for Fingerprint Hybridization and Reduction.
Marek Śmieja, Dawid Warszycki
PloS one, 10.1371/journal.pone.0146666
PMID:26784447
-
Ligand-Based Virtual Screening in a Search for Novel Anti-HIV-1 Chemotypes.
Agata Kurczyk, Dawid Warszycki, Robert Musiol, Rafał Kafel, Andrzej J Bojarski, Jaroslaw Polanski
Journal of chemical information and modeling, 10.1021/acs.jcim.5b00295
PMID:26431196
-
Bioisosteric matrices for ligands of serotonin receptors.
Dawid Warszycki, Stefan Mordalski, Jakub Staroń, Andrzej J Bojarski
ChemMedChem, 10.1002/cmdc.201402563
PMID:25772514
-
Exploiting uncertainty measures in compounds activity prediction using support vector machines.
Sabina Smusz, Wojciech Marian Czarnecki, Dawid Warszycki, Andrzej J Bojarski
Bioorganic & medicinal chemistry letters,
PMID:25466199
-
Asymmetric clustering index in a case study of 5-HT1A receptor ligands.
Marek Śmieja, Dawid Warszycki, Jacek Tabor, Andrzej J Bojarski
PloS one, 10.1371/journal.pone.0102069
PMID:25019251
-
A linear combination of pharmacophore hypotheses as a new tool in search of new active compounds--an application for 5-HT1A receptor ligands.
Dawid Warszycki, Stefan Mordalski, Kurt Kristiansen, Rafał Kafel, Ingebrigt Sylte, Zdzisław Chilmonczyk, Andrzej J Bojarski
PloS one, 10.1371/journal.pone.0084510
PMID:24367669
Wszystkie publikacje
-
Stworzenie protokołu wirtualnego badania przesiewowego do projektowania nowych związków hamujących rozwój wirusa Ebola (PRELUDIUM 2016/21/N/NZ2/01725) - 2017-01-27 - 2018-07-26
Cel badań/HipotezaNadrzędnym celem naukowym projektu jest opracowanie
protokołu do projektowania inhibitorów białka Niemann-Pick C1 (NPC1) in silico. Jego istotą jest stworzenie
procedury wirtualnego badania przesiewowego (wirtualnego skriningu),
pozwalającej na hierarchizację związków chemicznych ze względu na ich
potencjalne działanie inhibicyjne wobec białka NPC1 (odgrywającego kluczową
role w procesie infekcji wirusem Ebola). Udoskonalenie i aplikacja stworzonych
w Zakładzie Chemii Leków metodologii pozwolą na opracowanie nowego protokołu,
którego wdrożenie pozwoli na wyczerpującą analizę przestrzeni chemicznej w
poszukiwaniu nowych substancji o działaniu antywirusowym. Metoda
badawczaSama procedura będzie się składać z kilku następujących
po sobie etapów (preselekcja, mapowanie farmakoforowe, protokół dokowania,
określenie parametrów ADME, klastrowanie oraz wizualna inspekcja), które
umożliwią selekcję najbardziej wartościowych struktur. W realizacji projektu
zostaną wykorzystane następujące metodologie: statystyczna analiza deskryptorów
ADME, modelowanie farmakoforowe, modelowanie homologiczne oraz dokowanie. Gotowy
protokół wirtualnego badania przesiewowego zostanie wykorzystany do walidacji
wirtualnej, kombinatorycznej biblioteki związków, która pozwoli na wybranie do
syntezy (w Instytucie Chemii Organicznej i Analitycznej w Orleanie) najbardziej
obiecujących struktur. Wpływ
rezultatówRealizacja projektu pozwoli na zdefiniowanie wymagań
strukturalnych dla związków zapobiegającym infekcjom przez jeden z
najniebezpieczniejszych gatunków wirusów jakim jest wirus Ebola. Skonstruowany
protokół wirtualnego skriningu będzie mógł być użyty wielokrotnie, zarówno w
ewaluacji kombinatorycznych baz związków chemicznych, jak i tych komercyjnych. Ponadto
realizacja projektu pozwoli na zacieśnienie współpracy naukowej między Zakładem
Chemii Leków a ICOA, która jest prowadzona już od kilku lat. Wyniki projektu
rozszerzą wiedze na temat inhibitorów NPC1 zawierających rdzenie strukturalnie
triazyny i benzimidazolu, wyselekcjonowanych w badaniach wstępnych.
Wymiernymi efektami podjętego problemu będzie co najmniej
jedna publikacja naukowe w czasopismie z listy filadelfijskiej. Wszystkie
otrzymane wyniki zostaną także zaprezentowane na konferencjach zarówno ogólnopolskich
jak i międzynarodowych, a Zakład Chemii Leków zostanie pierwszym ośrodkiem w
Polsce zaangażowanym w prace nad środkami zwalczającymi wirusa Ebola. Ponadto,
uczestnictwo w programie pozwoli kandydatowi na uzupełnienie posiadanego
doświadczenia naukowego w umiejętności samodzielnego kierowania projektem
badawczym, tak niezbędnej na kolejnych etapach naukowej kariery.
